A páciensek körében – sajnos – a gyökérkezelés az egyik legtöbbször alkalmazott fogászati beavatkozás. Abban az esetben, ha a fog belsejében levő, ereket és idegeket tartalmazó üreget eléri vagy megközelíti a szuvasodás gyulladás alakul ki, amelyet mindenképpen kezelni kell.

Természetesen több más indoka is lehet még a gyökérkezelésnek. Előfordulhat azt is, hogy egy túl nagy tömés, vagy nagymértékű fogszuvasodás következtében elhal a fog, ebben az esetben is gyökérkelést kell alkalmazni. A fog elhalás további következménye, hogy megszűnik a fog vérkeringése, és ennek hiányában a vér nem tudja elszállítani a fogból a baktériumokat, amelyek a fogágyban, a fogat körülvevő csontban elszaporodnak és gyulladást, akár tályogot is okozhatnak. A gócos fogak sok esetben lehetnek okai a szervezet egyéb helyein kialakult gyulladásos folyamatoknak (pl. hajhullás, ízületi-, szívizomgyulladás, de okozhatnak bőrkiütést, szemészeti, ill. urológiai problémát is).
Baleset következtében gyakran előfordul, hogy eltörik a fog, vagy letörik a fogból egy darab, és ez által fertőződik a fogbél. A fertőzés pedig ínysorvadáshoz vezet. A sorvadás miatt nincs elegendő csont, amely fedné a fogakat a fogágyban. Nem minden esetben, de korona felhelyezése miatt is előfordulhat, hogy gyökérkezelést végezni. Ha a metsző fogakon vagy a kisőrlőkön olyan sok anyagot le kell csiszolni a csonk előkészítése, ill. azért hogy legyen elég hely a koronának, akkor előtte gyökérkezelni kell a fogat.